El Municipio fue fundado en 1956 por el conquistador Diego Martín de Ávila con el nombre de San Agustín de Ávila. Dicha población se convertiría en uno de los polos principales para la explotación de minerales del río San Juan. Dadas las constantes inundaciones y diversos ataques de los indios Nohanamaes, sus habitantes decidieron trasladarse al sitio que hoy ocupa y reedificarle con el nombre que hoy conocemos:  San Agustín de Sipí.

Su Extensión es de 1274 kilómetros cuadrados y cuenta con una temperatura promedio de 28 grados centígrados. Se encuentra a 173 kilómetros de la capital del departamento, Quibdó.  Tiene una altura de 50 metros sobre el nivel del mar. Cuenta con una población de 336 habitantes en la cabecera municipal y de 3.242 habitantes en el sector rural.

Es la región la más antigua de Colombia, después de Santa María la antigua del Darién.

Su etapa histórica se inicia en el año de 1534 con la fundación de Nohanamá (Gobernación de San Juan); organizada por los españoles y habitada por indígenas Nohanamaes. Los primeros fundadores y organizadores de esta gobernación fueron Juan de Solís y Juan de la Cosa, comisionados para ello por el conquistador español Pascual de Andagoya.

Fiestas

• San Ignacio de Loyola (Julio). Fiesta anual.
• Fiestas de San Agustín.

Corregimientos

• Cañaveral
• Garrapatas(sanandocito)
• San Agustín
• Tanandó
• Charco Largo-La Unión
• Barrancon
• Santa Rosa

Otras comunidades ubicadas en la localidad son: Loma de Chupey, Teatino, Barrancon, Charco Hondo, Las Brisas, Chambacu.

Cuenta también con 1 inspección de policía y 1 resguardo indígena.
El municipio cuenta con un Centro de Salud principal (San Ignacio de Loyola) y 6 Puestos de Salud secundarios.

Hidrografía: El Municipio cuenta con una importante Red fluvial demarcado por el rió Sipí y sus afluentes.

Economía:
La Actividad Minera es la principal actividad productiva del municipio, se realiza sin ningún tipo de control en los territorios ubicados en inmediaciones del río Sipí (San Agustín) y Taparal.
La explotación Minera es de mediana escala y tradicional o artesanal, principalmente de metales como el oro y el platino. El sistema de explotación tradicionalmente en el Departamento del Chocó y en especial en el Municipio de Sipí, se ha realizado de una manera artesanal (rudimentaria), con sistemas de explotación como el “mazamorreo”, “hoyadero”, “zambullidero” y “barequeo”.

La Actividad Agrícola es minifundista y se utiliza principalmente la mano de obra familiar; las explotaciones son tradicionales, no existen paquetes tecnológicos que mejoren los niveles de producción. La actividad Agrícola se ubica en los suelos de vegas de ríos y Quebradas, los cuales presentan mejores condiciones de fertilidad y se desarrolla bajo economía tradicional de subsistencia, reducida a pequeñas parcelas de cultivos tales como: el plátano, maíz, arroz, Borojó, yuca, chontaduro, lulo, caña de azúcar y la papa china.

La Porcicultura, es una actividad tradicional en estas comunidades; juega un papel importante en el aprovechamiento alimenticio familiar y comercial. La pesca se utiliza como complementaria en la provisión de alimentos en las familias junto con La actividad pecuaria que igual a las anteriores es incipiente.

Vías de comunicación 

• Aéreas: El municipio no cuenta con aeropuertos.
• Terrestres: El municipio no cuenta con carretera.
• Fluviales: La principal arteria fluvial de comunicación es el río San Agustín en el cual a sus orillas se establecen el casco urbano y varias de sus corregimientos y veredas, teniendo acceso al interior del país, ya que el río desemboca en el río San Juan. Además otros afluentes caen a las aguas del río San Agustín comunicando a otras veredas y corregimientos como es el caso del río Garrapatas y el río Taparal