Las tierras del departamento del Chocó estaban habitadas antes de la llegada de los conquistadores españoles (época precolombina ) por diversos grupos indígenas, entre ellos:
Los Kunas o Tule, que poblaban los alrededores del golfo de Urabá y el bajo At rato.
los Chocoes o Citarares que habitaban el alto Atrato.
los Uaunana o Noanamaes, ubicados en la hoya del San Juan.
los Emberás, Baudoes o Citararaes que poblaban la costa del Pacifico (Alto Atrato y Baudó).
El primer español que exploró el golfo de Urabá fue Rodrigo de Bastidas, en 1501. Luego Vasco Núnez de Balboa se estableció en Santa María La Antigua del Darién, fundada en 1510 por Martín Fernández de Enciso siendo la primera poblacion fundada en territorio colombiano, esta localidad subsistió por poco tiempo, debido a las rivalidades de los conquistadores. Balboa, posteriormente organizó una expedición y descubrió el océano Pacifico el 25 de septiembre de 1513, el cual denominó Mar del Sur.
La explotación de las inmensas riquezas mineras del Chocó, debido a las difíciles condiciones climáticas, obligó a los colonizadores a utilizar esclavos negros africanos, que desplazaron a los indígenas habitantes de la región por lo cual los negros ocuparon y poblaron el territorio. La explotación minera ha sido el móvil más fuerte a través de los años en la colonización de estas tierras.
Los españoles inician en América uno de los comercios más oscuros de la historia: la esclavitud del pueblo africano, pero el amor por la libertad hace que en 1728 Barule , un esclavo, lidere la más grande insurrección en el Chocó junto a los hermanos Antonio y Mateo Mina.
Fundan el Palenque Tadó en donde es proclamado rey. Lo conforman 120 cimarrones. El 18 de febrero de 1728 tiene lugar la batalla entre el ejército realista y los cimarrones y vencidos estos últimos, Barule y los hermanos Mina son fusilados por el teniente Tres Palacios Mier. En 1795 Agustina , una esclava abusada por el esclavista Miguel Gómez quien quería hacerla abortar, lo denuncia ante juez Álvarez Pino quien falla en contra de ella.
En respuesta, ella quema varias haciendas de lo que hoy es el municipio de Tadó. El grito de independencia en el Chocó se daría el 2 de febrero de 1813.
En 1867 nace el poeta, pedagogo y dirigente chocoano Manuel Saturio Valencia. El territorio del Chocó pasa a ser Colombia cuando Panamá se separó de Colombia. Históricamente el territorio de Panamá se extendía hasta el Chocó Colombiano y el golfo de Urabá. Panamá nunca reclamó dichos territorios visto al difícil acceso, además ha sido considerado un territorio olvidado por Colombia, lo que demuestra porqué los panameños quisieron separarse de Colombia. La historia republicana del Chocó comenzaría propiamente en 1906 cuando es creado Intendencia del Chocó, desprendiéndola del Cauca y uniendo las provincias de San Juan y Atrato.
Por decreto 1347 de 1906, se separó la provincia del Chocó del Cauca y se erigió como intendencia nacional integrada por las provincias de San Juan y del Atrato. En 1907 nace en Neguá Diego Luis Córdoba, quien sería el primer abogado chocoano y gran defensor de los derechos humanos de los sectores desprotegidos y marginados, especialmente las comunidades negras , las clases obreras y campesinas. Carismático líder que luchó por la creación del Departamento del Chocó, el reconocimiento real del derecho a la educación de las comunidades negras y su valoración en la sociedad colombiana. En ese mismo año, el 6 de mayo en Quibdó, es fusilado Manuel Saturio Valencia (el último colombiano sentenciado a la pena de muerte en el país), acusado de atentar contra los intereses de la sociedad blanca chocoana. En 1930 Diego Luis Córdoba organiza la Juventud Liberal Universitaria.
En 1944 la UNESCO declara el parque los Katíos como Patrimonio de la Humanidad.
Por la Ley 13 del 3 de noviembre de 1947 fue creado el departamento del Chocó con capital en la ciudad de Quibdó.
En 1948 nace Amir Smith Córdoba en Cértegui, quien sería uno de los hombres más importantes en la defensa de los derechos y la identidad cultural de las negritudes colombianas. Córdoba fue sociólogo y periodista, y colaboró en publicaciones nacionales e internacionales; fue fundador del [[Centro de Investigaciones para el Desarrollo de la Cultura Negra en Colombia. Diego Luis Córdoba murió en 1964 en Ciudad de México, y se constituyó en uno de los colombianos más importantes del siglo XX en la lucha por la defensa de los derechos humanos de las comunidades negras, obreras y campesinas.
A través de todos los tiempos, el pueblo chocoano ha hecho gala de su cultura y ha demostrado estar a la altura de los grandes centros culturales del país, superando todas las limitaciones y barreras que la naturaleza y la sociedad colombiana le ha colocado. Entre los Chocoanos ilustres perteneciente al movimiento periodístico Chocoano se encuentra Primo Guerrero que fue defensor de las comunidades más desfavorecidas, luchador incansable contra la corrupción política en la década de los años 40 del pasado siglo y firme defensor de los derechos de las comunidades "afrocolombianas". Primo Guerrero fue además un destacado periodista fundador en 1940 del periódico "En Guardia" y amigo personal de Gabriel garcia Marquez al que le unió una estimable relación desde sus tiempos de compañeros en el diario bogotano "El Espectador" (1954), donde Gabriel garcia Marquez desempeñaba su labor como reportero y critico de cine
En 1977 se crea el Parque Nacional de Los Catíos, unido al Parque Nacional Darién de Panamá como parque binacional.
En 1990 algunas organizaciones de protección del medio ambiente y de los derechos humanos protestan contra planes estatales de grandes obras de infraestructura en el Departamento, tales como la construcción de un canal interoceánico o una línea férrea que una el mar Caribe con el Pacífico , dos puertos marítimos sobre el Golfo de Urabá y sobre la Bahía de Cupica, la conexión de la Carretera Panamericana y otras obras.
En 1993 se crea la Corporación Autónoma Regional para el Desarrollo Sostenible del Chocó. El 13 de agosto de 2003 muere Amir Smith Córdoba. Entre el 20 - 29 de marzo de 2004 por primera vez en la historia 1.200 indígenas de los resguardos de Playita, Egoróquera y Unión Baquiaza, del río Opogodó y otros sectores, se ven obligados a huir de su propia tierra a causa de cruentos enfrentamientos entre las FARC y las AUC.
El hecho es sólo muestra de la difícil situación de orden público que vive el Departamento en algunas de sus regiones, con desplazamientos campesinos, masacres y ejecuciones por parte de los grupos violentos.
Es de anotar que algunas regiones turísticas tienen condiciones de seguridad, para los viajeros nacionales e internacionales de acuerdo con la Política de Seguridad Democrática del Gobierno de Álvaro Uribe Vélez, allí hay presencia de La Armada Nacional e interés comunitario por la seguridad de los visitantes.
Cada vez mas turistas internacionales están llegando a Nuquí, Quibdó y Bahía Solano desde que se inició la Política de Seguridad Democrática, convirtiéndose el Turismo en un recurso económico viable para el departamento.
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El primer español que exploró el golfo de Urabá fue Rodrigo de Bastidas, en 1501. Luego Vasco Núnez de Balboa se estableció en Santa María La Antigua del Darién, fundada en 1510 por Martín Fernández de Enciso siendo la primera poblacion fundada en territorio colombiano, esta localidad subsistió por poco tiempo, debido a las rivalidades de los conquistadores. Balboa, posteriormente organizó una expedición y descubrió el océano Pacifico el 25 de septiembre de 1513, el cual denominó Mar del Sur. 
Los españoles inician en América uno de los comercios más oscuros de la historia: la esclavitud del pueblo africano, pero el amor por la libertad hace que en 1728 Barule , un esclavo, lidere la más grande insurrección en el Chocó junto a los hermanos Antonio y Mateo Mina. 
En 1867 nace el poeta, pedagogo y dirigente chocoano Manuel Saturio Valencia. El territorio del Chocó pasa a ser Colombia cuando Panamá se separó de Colombia. Históricamente el territorio de Panamá se extendía hasta el Chocó Colombiano y el golfo de Urabá. Panamá nunca reclamó dichos territorios visto al difícil acceso, además ha sido considerado un territorio olvidado por Colombia, lo que demuestra porqué los panameños quisieron separarse de Colombia. La historia republicana del Chocó comenzaría propiamente en 1906 cuando es creado Intendencia del Chocó, desprendiéndola del Cauca y uniendo las provincias de San Juan y Atrato. 
Parques Naturales Nacionales
Riós y Lagunas
