Río entre los departamentos de Risaralda, Chocó y Valle del Cauca. Nace en el cerro de Caramanta en la cordillera occidental. Desemboca formando un delta de varios brazos, cinco principales, a lo ancho del Cabo Corrientes, en el océano Pacífico.

Es el tributario del océano Pacífico más caudaloso de Sur América, debido a los numerosos afluentes que recibe y a la abundancia de lluvias de la región. Inicialmente el río corre en dirección oeste, que cambia cerca de la población de Tadó por un rumbo suroeste hasta la desembocadura del río Munguidó, donde toma nuevamente dirección oeste hasta su desembocadura. En su primer aparte recorre tierras del departamento del Risaralda, para luego penetrar en el departamento del Chocó, donde tiene la mayor parte de su curso, hasta la confluencia del río Calima; de allí en adelante sirve de límite entre los departamentos del Chocó y Valle del Cauca.

El río tiene una longitud de 410 km, de los cuales 350 km son navegables por barcos de poco calado. Su hoya hidrográfica cubre 14.605 km2.  En la parte alta el río marcha a gran velocidad, disminuyendo a medida que avanza por el valle, debido al cambio en el declive del terreno. A lo largo de su curso el río recibe más de 130 afluentes. Su ancho varía y en algunos sectores alcanza hasta 400 m, cerca a su desembocadura. Los principales municipios que se encuentran a sus orillas son: Tadó, Istmina, Condoto, Nóvita, Sipí y San José del Palmar. Sus poblaciónes se han dedicado de manera fundamental a la explotación del oro y platino.
Condoto es el centro de explotación de platino e Istmina de oro. Existe un proyecto en el que se ha mencionado la posibilidad de unir los ríos San Juan y Atrato por medio de grandes lagos, que permitiría el paso de embarcaciones del mar Caribe al océano Pacífico, además, de generar energía eléctrica para la electrificación de la región occidental del país. El río San Juan pertenece a la intendencia fluvial del Atrato y ejerce control fluvial con la inspección fluvial de Istmina.

El descubridor del San Juan fue don Pascual de Andagoya quien llegó a su desembocadura el 24 de junio de 1518 y lo denominó así en honor a San Juan Bautista. Los pobladores de la región lo llamaban Dochará o Docharamá que significa río grande.