Con una extensión territorial de 111 kilómetros cuadrados; y ubicado a una altura de 2.670 metros sobre el nivel del mar, siendo uno de los municipios más quebrados del departamento, el Municipio fue fundado por Lorenzo de Aldana en 1539 en el  Valle de Guacanquer, hoy Yacuanquer, y fue el asiento fundacional de la Villa Viciosa de la Concepción de Pasto.

El origen del nombre Yacuanquer proviene de los originales ocupantes de estas tierras, los indios Guacanqueres de la familia Quillacinga.  Yacuanquer es una palabra quechua que significa "llano Idolos o de los sepulcros" o "tumbas de los dioses".

En el municipio predomina el clima frío con alturas entre 3000 y 4300 metros sobre el nivel del mar cubriendo el 74% de la fisiografía, mientras el 11% corresponde al páramo y el 22% a clima medio. El 65% de la topografía es quebrada y solo el 10% es plana; debido a la cercanía del municipio al cráter del Volcán Galeras, se ha catalogado como zona de alto riesgo de erupciòn volcanica.